Mit Version 1.0.4 wurde ein Micro-Patching-System in sourceDESK integriert, welches das automatische Ausbessern von Bugs zwischen zwei Versionen ermöglicht. Das System prüft nun automatisch mit dem System-Status-Cronjob (in der Regel alle sechs Stunden), ob neue Micro-Patches vorliegen. Diese werden sodann vom sourceWAY-Server geladen und direkt angewendet. Dies können Änderungen an Dateien oder an der Datenbank-Struktur sein. Selbstverständlich wird kryptografisch sichergestellt, dass die Änderung autorisiert sind.
Sie können das automatische Micro-Patch-System Patching in den Systemeinstellungen im Bereich "Allgemein" vollumfänglich deaktivieren. Seit Version 1.0.6 ist die Durchführung der Micro-Patches auch manuell über "Systemeinstellungen > Systemupdates" möglich.